"ANALIZA DNA – TEORIA I
PRAKTYKA"
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008
pod redakcją Ryszarda Słomskiego
Praca zbiorowa
Wydawnictwo
Uniwersytetu Przyrodniczego
w Poznaniu
ISBN
978-83-7160-496-6
Zebrane w książce przykłady analiz DNA powstały na
podstawie dwudziestoletniego doświadczenia wynikającego z przeprowadzenia szkół
letnich POSTĘPY BIOLOGII MOLEKULARNEJ w latach 1989-2008. W Szkołach
uczestniczyło ponad 800 osób reprezentujących m.in. wyższe uczelnie, instytuty
badawcze i służby państwowe. Doświadczenia przedstawione w książce
„Analiza DNA — teoria i praktyka” wykonane zostały przez
młodych pracowników nauki i łatwo mogą być powtórzone. Unikatową wartość
stanowią przykłady wyników uzyskanych z zastosowaniem opisanych metod. Całość
opracował prof. dr hab. Ryszard Słomski, pod którego kierunkiem kształciło się
wielu autorów tej książki. Ryszard Słomski jest profesorem zwyczajnym,
kierownikiem Katedry Biochemii i Biotechnologii Uniwersytetu Przyrodniczego w
Poznaniu, zastępcą dyrektora ds. naukowych w Instytucie Genetyki Człowieka PAN
w Poznaniu, biegłym sądowym z zakresu genetyki człowieka oraz specjalistą z
zakresu genetyki laboratoryjnej. Profesor Słomski jest w kraju pionierem badań
DNA dla potrzeb diagnostycznych oraz prekursorem upowszechnienia diagnostyki
molekularnej. Jako pierwszy wykonał badania z zakresu odcisku genetycznego i
amplifikacji DNA metodą PCR. Obecnie zajmuje się
diagnostyką molekularną chorób genetycznych, charakterystyką nowych genów
człowieka, biotechnologią, badaniami medyczno-sądowymi i badaniem DNA z
wykopalisk.
SPIS TREŚCI
|
1.
|
Diagnostyka molekularna Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Karolina Wielgus |
17-23 |
|
2.
|
Poznanie genomu człowieka i
perspektywy analiz DNA Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Karolina Wielgus |
24-29 |
|
3.
|
Nazewnictwo wariantów
sekwencji DNA, RNA i białek Marlena Szalata,
Ryszard Słomski |
30-40 |
|
4.
|
Pobieranie materiału
biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Ryszard Słomski |
41-43 |
|
5.
|
Izolacja DNA Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Łukasz Wolko, Karolina
Wielgus |
44-53 |
|
6.
|
Izolacja RNA Ryszard Słomski, Daniel
Lipiński |
54-60 |
|
7.
|
Ilościowa i jakościowa
ocena preparatów DNA i RNA Ryszard Słomski |
61-64 |
|
1.
|
Elektroforeza kwasów
nukleinowych Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Bogdan Walkowiak |
65-81 |
|
2.
|
Barwienie DNA srebrem Marta Kaczmarek, Justyna
Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
82-84 |
|
3.
|
Enzymy restrykcyjne,
hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców
DNA do klonowania Barbara Siemieniako,
Marta Kaczmarek, Ryszard Słomski |
85-98 |
|
4.
|
Hybrydyzacja DNA z sondami
molekularnymi. Metoda Southerna Barbara Siemieniako,
Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
99-113 |
|
5.
|
Odcisk
genetyczny Ryszard Słomski, Magdalena
Słomska, Karolina Wielgus |
114-124 |
|
6.
|
Hybrydyzacja typu northern Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
125-130 |
|
7.
|
Reakcja łańcuchowa
polimerazy (PCR) Ryszard Słomski, Marlena Szalata, Karolina Wielgus |
131-143 |
|
8.
|
Metoda odwrotnej reakcji PCR
(IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Dorota Narożna, |
144-147 |
|
9.
|
Amplifikacja całego genomu
(WGA) Daniel Lipiński, Marlena Szalata, Joanna Zeyland,
Ryszard Słomski |
148-151 |
|
10. |
Charakterystyka regionów
DNA o częściowo znanej strukturze Daniel Lipiński, Marlena Szalata, Ryszard Słomski |
152-155 |
|
11. |
Klonowanie produktów PCR Daniel Lipiński, Joanna Zeyland, Wojciech Juzwa,
Ryszard Słomski |
156-164 |
|
12. |
Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR Dorota Narożna, Cezary J.
Mądrzak |
165-168 |
|
13. |
PCR w czasie rzeczywistym Daniel Lipiński, Joanna Zeyland, Ryszard Słomski |
169-175 |
|
14. |
Synteza cDNA na matrycy
całkowitego RNA Aleksandra Korcz, Daniel
Lipiński, Joanna Mikołajczyk-Stecyna, Ryszard
Słomski |
176-182 |
|
15. |
Przygotowywanie i
przeszukiwanie bibliotek cDNA Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
183-188 |
|
16. |
Biblioteki DNA konstruowane
z minimalnej ilości materiału Łukasz Wolko,
Ryszard Słomski |
189-194 |
|
17. |
Wykrywanie mutacji
punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Marta Kaczmarek, Justyna
Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
195-202 |
|
18. |
Wykrywanie mutacji metodą
heterodupleksów Andrzej Pławski, Marta Podralska,
Ryszard Słomski |
203-208 |
|
19. |
Wykrywanie mutacji metodą
DHPLC Andrzej Pławski, Marta
Podralska, Ryszard Słomski |
209-212 |
|
20. |
Dideoksy fingerprinting (DDF) Andrzej Pławski, Marta
Podralska, Ryszard Słomski |
213-219 |
|
21. |
PCR multipleks Marta Kaczmarek, Justyna
Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
220-224 |
|
22. |
Wykrywanie delecji i
duplikacji metodą MLPA Andrzej Pławski, Marta
Kaczmarek, Marta Podralska, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Ryszard Słomski |
225-229 |
|
23. |
Diagnostyka molekularna chromosomu
Y Aleksandra Korcz, Ryszard
Słomski |
230-234 |
|
24. |
Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Ryszard Słomski |
235-241 |
|
25. |
Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Ryszard Słomski, Andrzej
Pławski, Marlena Szalata |
242-247 |
|
26. |
Analiza powtórzeń trinukleotydów Ryszard Słomski, Marta
Kaczmarek, Marlena Szalata |
248-255 |
|
27. |
Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Marta Kaczmarek, Ryszard
Słomski |
256-265 |
|
28. |
Analiza powtórzeń tetranukleotydów Ryszard Słomski, Karolina
Wielgus, Mariusz Nawrocki, Marta Podralska, Marta Kaczmarek, Andrzej Pławski,
Małgorzata Waszak, Krystyna Cieślik |
266-272 |
|
29. |
Badania DNA w medycynie
sądowej Ryszard Słomski |
273-279 |
|
30. |
Polimorfizm
insercyjno-delecyjny genu konwertazy angiotensynowej (ACE) Joanna
Mikołajczyk-Stecyna, Aleksandra Korcz, Marcin
Gabriel, Katarzyna Pawlaczyk, Miłosława Zowczak-Drabarczyk,
Grzegorz Oszkinis, Ryszard Słomski |
280-289 |
|
31. |
Polimorfizm genu reduktazy metylenotetrahydrofolianowej (MTHFR) Ewa Strauss, Krzysztof
Waliszewski, Andrzej Pawlak, Ryszard Słomski |
290-299 |
|
32. |
Polimorfizm genu
dehydrogenazy alkoholowej (ADH3) Andrzej Pławski, Marta
Podralska, Ryszard Słomski |
300-305 |
|
33. |
Wykrywanie mutacji i
polimorfizmów genu DMD metodą
PCR-RFLP Marta Kaczmarek, Justyna
Hoppe-Gołębiewska, Dobrawa Napierała, Ryszard Słomski |
306-310 |
|
34. |
Przykłady genotypowań Robert Kalak,
Natalia Drwęska, Marlena Szalata, Ryszard Słomski, Anna
Wawrzyniak, Michalina Marcinkowska, Liliana Celczynska-Bajew,
Wanda Horst-Sikorska |
311-321 |
|
35. |
Analiza występowania
patogenów bakteryjnych w kieszonkach przyzębnych Agnieszka Kręgielczak, Robert Kalak,
Janina Stopa, Ryszard Słomski |
322-331 |
|
36. |
Wykrywanie Helicobacter pylori
metodą PCR Antonina Lorenz, Agnieszka Kręgielczak, Robert Kalak,
Ryszard Słomski |
332-335 |
|
37. |
Zastosowanie techniki RAPD-PCR do analizy porównawczej izolatów
Fusarium avenaceum Barbara Golińska, Dorota
Narożna, Joanna Króliczak, Cezary J. Mądrzak |
336-342 |
|
38. |
Poszukiwanie markerów cech
użytkowych metoda RAPD-PCR Łukasz Wolko,
Barbara Siemieniako, Karolina Wielgus, Hanna Witucka-Wall, Ryszard
Słomski |
343-347 |
|
39. |
Polimorfizm genu syntazy
kwasu tetrahydrokannabinoilowego (THCA) konopi Cannabis sativa L. Karolina Wielgus, Joanna
Przewoźna |
348-356 |
|
40. |
Polimorfizm mitochondrialnego DNA człowieka Karolina Wielgus, Marlena Szalata, Ryszard Słomski |
357-368 |
|
41. |
Test terminacji
translacji (PTT) Andrzej Pławski, Daniel
Lipiński, Ryszard Słomski |
369-376 |
|
42. |
Analiza międzygatunkowej
homologii DNA i białka Piotr Gronek, Dariusz
Brzeziński, Katarzyna Nuc, Ryszard Słomski |
377-382 |
|
43. |
Archeologia molekularna Ryszard Słomski, Alexander M.
Dzieduszycki, Daniel Lipiński, Marlena Szalata,
Karolina Wielgus, Joanna Zeyland, Zdzisław Smorąg,
Hieronim Frąckowiak, Mirosław S. Ryba |
383-389 |
|
44. |
Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Karolina Wielgus, Daniel Lipiński,
Alexander M. Dzieduszycki, Mirosław Ryba, Ryszard Słomski |
390-398 |
|
45. |
Przygotowanie produktów PCR
do sekwencjonowania Daniel Lipiński, Andrzej
Pławski, Ryszard Słomski |
399-404 |
|
46. |
Sekwencjonowanie DNA Ryszard Słomski, Katarzyna Nuc, Andrzej Pławski, Daniel Lipiński, Łukasz Wolko |
405-418 |
|
47. |
Sekwencjonowanie DNA -
elektroforeza płytowa Łukasz Wolko,
Katarzyna Nuc, Robert Kalak,
Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
419-428 |
|
48. |
Sekwencjonowanie DNA
– elektroforeza kapilarna Ryszard Słomski, Andrzej
Pławski |
429-434 |
|
49. |
Pirosekwencjonowanie
– sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Ryszard Słomski, Marta
Kaczmarek, Justyna Hoppe-Gołębiewska, Marlena Szalata |
435-443 |
|
50. |
Analiza asocjacji w poszukiwaniu
genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Robert Kalak,
Natalia Drwęska, Ryszard Słomski, Anna Wawrzyniak, Michalina Marcinkowska,
Liliana Celczynska-Bajew, Wanda Horst-Sikorska |
444-452 |
|
51. |
Analiza
uwarunkowań genetycznych sportowców Piotr
Gronek, Joanna Lehmann, Emilia Gumna |
543-461 |
|
52. |
Porównanie ekspresji genów
na poziomie transkrypcji metodą różnicową Daniel Lipiński, Krzysztof
Waliszewski, Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
462-467 |
|
53. |
Ocena ekspresji genów z zastosowaniem
mikro- i makromacierzy cDNA Aleksandra Korcz, Joanna Mikołajczyk-Stecyna, Katarzyna Pawlaczyk, Marcin Gabriel,
Grzegorz Oszkinis, Krzysztof Waliszewski, Ryszard
Słomski |
468-473 |
|
54. |
Ekspresja eukariotycznych
genów w bakteriach Daniel Lipiński, Andrzej
Pławski, Joanna Zeyland, Ryszard Słomski |
474-478 |
|
55. |
Ukierunkowana mutageneza z
zastosowaniem megastartera Daniel Lipiński, Andrzej
Pławski, Ryszard Słomski |
479-483 |
|
56. |
Analiza modyfikowanych nukleozydów
metodą chromatografii cienkowarstwowej Marlena Szalata,
Aleksander Broszkiewicz, Mirosława Z. Naskręt-Barciszewska, Ryszard Słomski |
484-490 |
|
57. |
Analiza metylacji DNA Aleksander Broszkiewicz,
Marlena Szalata, Anita Bigos, Antonina Lorenz,
Mirosława Z. Naskręt-Barciszewska, Ryszard Słomski |
491-502 |
|
58. |
Elektroforeza białek w żelu
poliakryloamidowym Marlena Szalata,
Andrzej Pławski, Ryszard Słomski |
503-511 |
|
59. |
Oczyszczanie rekombinowanych białek Marlena Szalata,
Daniel Lipiński, Andrzej Pławski, Joanna Zeyland,
Ryszard Słomski |
512-520 |
|
60. |
Dwukierunkowa elektroforeza
białek Marlena Szalata,
Ryszard Słomski |
521-529 |
|
61. |
Wykrywanie małych ilości
białek metodą hybrydyzacji western blot Jolanta Opiela, Lucyna Kątska-Książkiewicz, Zdzisław Smorąg |
530-536 |
|
62. |
Mapowania
genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Ewa
Mały, Daniel Lipiński, Anna Woźniak, Lucyna Kątska-Książkiewicz,
Zdzisław Smorąg, Ryszard Słomski |
537-543 |
|
63. |
Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w
komórkach somatycznych Maria Skrzyszowska, Marcin Samiec |
544-548 |
|
64. |
Analiza
pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Paweł
Jałoszyński |
549-554 |
|
65. |
Ocena
fragmentacji DNA plemników metodą SCSA Michał
Bochenek |
555-559 |
|
66. |
Wykrywanie
fragmentacji DNA metodą TUNEL Magdalena Bryła, Monika
Trzcińska, Zdzisław Smorąg |
560-563 |
|
67. |
Analiza aberracji chromosomowych w
chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Maciej Kujawski |
564-567 |
|
68. |
Metoda array-CGH Maciej
Giefing |
568-573 |